微生态学基因组突变宿主微生物组适应性进化突变选择

"宿主微生物组基因组突变：协同进化与适应性进化研究综述

标签：微生态学基因组突变宿主微生物组适应性进化突变选择

工程20（2023）96微生态学研究综述宿主微生物组内的基因组突变：适应性进化或纯化选择张嘉超a，b，张佳超，Rob Knightb，c，d，e，张佳超a海南大学食品科学与工程学院，海口570228b美国加州大学圣地亚哥分校儿科系，...

824个新放线菌基因组揭示微生物多样性及抗菌肽的适应性

标签：文章扩展基因组百科全书分离参考基因组图形摘要亮点

文章扩展基因组百科全书具有824个分离参考基因组的放线菌图形摘要亮点d824来自不同环境的新放线菌分离株基因组d只有三分之一的放线菌多样性具有基因组代表性d强调了新的生态位特异性基因决定簇，如新的抗菌肽d通过...

宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学

本文转载自“微生态笔记”,已获授权。标题Metagenomics Sheds Light on the Ecology of Marine Microbes and Their Vir...

金黄色葡萄球菌免疫逃逸基因对宿主感染和适应性的重要性

标签：金葡球菌感染免疫逃逸因子宿主适应全基因组关联研究噬菌体编码

2022, Cell Genomics 2, 100194November 9, 2022 ª 2022 The Author(s).https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100194ll0文章0噬菌体编码的免疫逃逸因子对金黄色葡萄球菌宿主感染、转换和适应至关重要0图解摘要0要

ARM：植物微生物组的生态学与进化

本文转载自“微生态”，由fufu编译，玛莉、江舜尧编辑。导读定殖植物表面和组织内部的微生物为其宿主提供了许多生命支持功能。尽管人们越来越重视到植物微生物组的重大功能，但我们对分类学多样性...

JIPB：白洋组综述根系微生物组群落构建及其对植物适应性的贡献

标签：大数据编程语言机器学习

根系微生物组：群落构建及其对植物适应性的贡献The root microbiome: Community assembly and its contributions to plant fitnessJournal of Integrative Plant Biology [IF: 7.963]DOI：...

测序故事:微生物基因组常见测序类型简介及案例分享（二）

标签：科技其他经验分享

基因组扫描图、完成图、精细图、染色体水平组装……这么多的项目类型，怎样做选择

Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)

Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔... Tringe共同通讯的文章《Genomic features of bacterial adaptation to plants》，揭示了微生

【LorMe云讲堂】戴磊：宿主共生微生物组的精准表征与靶向改造

●海报信息●●观看指南●1. 长按海报，直接扫码进入“微信小程序腾讯课堂”观看课程。2.可通过下载“bilibili app”，搜索：凌恩生物，观看课程。错过直播的小伙伴不用难过，点击下面链接让您一期都不落下！...

PBJ | 华南农大联合中科院东北地理所发表植物功能基因与根际微生物互作综述...

标签：大数据机器学习人工智能

Linking plant functional genes to rhizosphere microbes: a reviewReview，2022-10-22，Plant Biotechnology Journal， [IF 13.263]第一作者：Qi Liu (刘琪)通讯作者：Tengxiang Lian (连腾祥) ([email protected]....

易基因：植物宏病毒组研究：植物病毒的进化与生态 | 顶刊综述

标签：生物信息学生物学经验分享

真核病毒的进化史包括三个主题病毒与其宿主的共同进化和共同分化，通过感染不同宿主的病毒组之间的水平基因转移促进的进化，以及具有相关遗传元件的病毒组的并行平行进化。经过几十年的调查、跟踪和分析植物病毒，...

Cell Reports | 浙大蒋超组合作揭示多种族生殖道微生物组的进化动态

多种族生殖道微生物组进化动态及长期生态位特异性过程驱动下乳酸杆菌黏附因子的正向选择Vaginal microbiomes show ethnic evolutionary dynamics and positive selection of Lactobacillus adhesins driven by a ...

人体内菌群如何进化适应宿主内环境

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因此，需要考虑的是：菌群在多大程度上以特定宿主的方式进化，包括外源物质和宿主饮食等许多因素都可能使个体具有独特的选择压力，表现为特定于个体的突变特征。文献介绍英文标题： Multiscale Evo...

Cell：PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动

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基于微生物种群生物学定义的逆向生态学方法A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial PopulationsCell, [38.637]2019-08-08 ArticleDOI: ...

COM：追踪植物-微生物组互作的进化历史

追踪植物-微生物组互作的进化路径 Tracing the evolutionary routes of plant–microbiota interactions Current Opinion in Microbiology [6.916] 2019-11-4，Review 原文链接： ...

iMeta | 南科大宋毅组综述逆境胁迫下植物向微生物组求救的遗传基础(附招聘)

标签：人工智能机器学习大数据

点击蓝字关注我们Review：植物向微生物群“呼救”策略的遗传基础https://doi.org/10.1002/imt2.82022/3/14● 2022年3月14日，南方科技大学生命...

Nature综述 | 种内多样性：解释微生物组中的菌株

标签：大数据机器学习人工智能

原文信息题目：Diversity within species: interpreting strains in microbiomes期刊：Nature Reviews Microbi...

Nat. Microbiol. | 功能选择揭示大肠杆菌泛基因组中未被发现的抗噬菌体防御系统...

标签：人工智能网络

点击蓝字·关注我们编辑：王凌琴校对：林丽敏、朱琪论文ID原名：A functional ... coli pangenome译名：功能选择揭示大肠杆菌泛基因组中未被发现的抗噬菌体防御系统通讯作者：Michael T. Laub作者单位：Depar...

Frontiers | 北林邬荣领/何晓青-网络作图揭示拟南芥与叶际微生物组互作机制

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网络作图揭示拟南芥与叶际微生物组互作机制Disentangling leaf-microbiome interactions in Arabidopsis thaliana by network mappingArticle, 2022-10-06, Frontiers in Plant Science, [IF 6.627]第一作者：李凯航...

Nature子刊：来自人类肠道菌群的189,680种DNA病毒基因组集

标签：大数据 python 机器学习

翻译：周之超@UW-Madison来自人类肠道菌群的 189,680 种 DNA 病毒的宏基因组汇编Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruse...

微生物和微生物组的定义以及发展史

明确区分了“微生物群”和“微生物组”两个术语，并就微生物群的组成、微生物群在时间和空间上的异质性和动态性、微生物网络的稳定性和恢复力、核心微生物群的定义进行了全面的讨论，以及功能相关的关键物种以及...

Nature综述：植物与微生物组的相互作用：从群落装配到植物健康(下)

标签：人工智能机器学习大数据

植物定殖和群落装配植物感应和定殖的开始Plant sensing and the initiation of colonization与植物相关的微生物利用趋化性来感应和响应植物来源的信...

Nature综述：进化病毒毒力的系统发育基因组学

小病毒，无所不在；病毒组，大有未来。进化病毒毒力的系统发育基因组学The phylogenomics of evolving virus virulence作者：Jemma L. Geo...

"发酵乳杆菌菌株的系统发育与抗炎作用

标签：微生态学研究比较基因组学分析肠道抗炎作用溃疡性结肠炎抗炎系统

工程17（2022）170微生态学研究发酵乳杆菌菌株的系统发育和比较基因组学分析及其肠道抗炎作用赵燕a、b，张成成a、b，俞蕾蕾a、b，田峰伟a、b，赵建新a、b，张浩a、b、c，陈伟a，b，c，e，翟奇晓a，b，d，刘伟江南...

【微生物研究】微生物交互关系研究论文摘要集锦

标签：生物信息学微生物相互作用微生物组学

基于基因组规模的方法，我们提出一个图形理论的方法与代谢模型，以探讨细菌菌株之间的代谢变异性，并鉴定和描述代谢相互作用的菌株群落由两个或两个以上菌株组成的分批培养。我们证明了我们的方法在不同

30分文章深度解析IBD中微生物-宿主互作

标签：其他

在过去的十年中，炎症性肠病 (IBD) 和相关炎症性疾病的宏基因组学和代谢组学研究急剧增加。最广为人知的 IBD 包括克罗恩病 (CD) 和溃疡性结肠炎 (UC)，它们是由宿主遗传、环境和微生物等多种因素引起的慢性炎症性...

iMeta | 南医大陈连民/孔祥清等综述从基因组功能角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响...

标签：大数据机器学习人工智能

点击蓝字关注我们从基因组功能学角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响https://doi.org/10.1002/imt2.143.29iMetaREVIEW ARTICLE●2022年3月29日，南京医科大学陈连民等在iMeta在线发表题为“Decoding microbial ...

肠道微生物组测试说明解读

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在持续的肠道菌群检测实践过程中，我们收到很多新的问题反馈和对肠道菌群检测在具体问题中的疑问。...基于大数据和整体性评估，报告中会给出健康总分这项指标。这个健康总分是如何计算得出的？还是拿我们最熟...

环境对人类微生物组及其对非传染性疾病的影响

基因是从出生开始确定了，很大程度上伴随着人的一生，微生物组是否也是遗传决定的呢？ 2018年的研究显示，家庭中的遗传血统或单个多态性变体在肠道微生物组组成中的作用很小（<2％），而微生物组多样性中超过20...

NC：噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究

标签：大数据机器学习人工智能

翻译：周之超@UW-Madison广泛存在的噬菌体中无机硫辅助代谢的生态学Ecology of inorganic sulfur auxiliary metabolism in wides...